Bâğiler isyân hazırlıkları içerisinde iken, fitnelerin önlenmesi gayesiyle hapsedilebilirlerse de fiilen katl ve kıtâle tevessül etmedikleri müddetçe kendilerine taarruz edilmez. Bunların fiil (eylem) hazırlığı yapmaları veya fiile geçmiş bulunmaları karşısında mukabil harekete geçmeden önce, veliyyül emr evvelâ adalet ve itaat dairesine, İslâm cemiyetinin re'yine dönmelerini, isyandan vazgeçmelerini söyler. Kabul ederlerse, zaten fesad  önlenmiş olur;  etmezlerse fesadlarını önlemek veya ortadan kaldırmak için mücadeleye girişilir.



Bâğilerle yapılan mücadele ve mukatele bir cihaddır. Bazı meselelerde cihad ahkâmı uygulanır. Mesela bâğiler tarafından öldürülenlere şehid muamelesi yapılır.Ancak bu cihad, müşriklerle yapılan cihaddan bazı noktalarda ayrılır: Kaçıp sığınacak bir dayanaktan (menea) mahrum olan esirler öldürülmez. Keza sığınıp kuvvet vereceği veya kuvvet alacağı bir destekçisi (menea) olmayan firarîler takip edilmez. Kaçmalarıyla fitneleri bitmiş demektir. Esâsen, -bunlar Müslüman olmaları sebebiyle-  onlarla savaştan asıl maksad da zâten budur: Fitnelerini ortadan kaldırmak.



Harbe katılmadıkça kadınlar, çocuklar, yaşlılar öldürülmez, bunlar köle de yapılamaz. Pişman ve tevbekâr olanlar öldürülmez. Harb sırasında alınan malları ganimet olmaz, savaş bitince iâde edilir. Ancak silah ve binek hayvanlarından savaş esnasında istifade edilebilir.



Harp sırasında isyâncılar tarafından telef edilmiş bulunan şeylerin (gerek mal ve gerekse insan) hesabı sorulmaz. Harp hali dışında telef edilenin hesabı, telef edenden sorulur. Ancak bu çeşit cürümler, siyasî değil, âdi cürümler olarak değerlendirilir.[54]



Bâğilere Söz Hürriyeti: Devletin müdahalesini gerektiren durumun gerçekleşmesi için, bâğilerin, "fiilen isyan haline geçmesi" şarttır. Bu safhadan önce müdahale edilmez. Bu hususu Abdülkadir Udeh şöyle ifade eder: "Bâğiler, inandıkları şeye, meşru olan sulh yolu ile davet (duyurma, propaganda etme) hakkına sahiptirler. Yani, onlar şer'î naslar hududunda kalmak şartıyla istediklerini söylemekte hürdürler. Hakkı temsil edenlere (ehl-i adl'e) de bunların fikirlerini reddetmek, bu fikirlerin çürüklüğünü onlara  beyân etmek terettüp eder. Bu iki gruptan biri, sözlerinde veya çağrısında şer'î naslardan dışarı çıkarak, onlara tecâvüz vaziyetine geçecek olursa, cürüm işlemiş olur ve cezalandırılır. Ancak bu cürüm, bâği cürmü değil, âdi bir cürüm itibar edilir..."



Nitekim Hz. Ali, hutbe sırasında kendisine itiraz eden Hâricîler'e: "Sizi mescidimizden men etmeyiz, ganimet malından mahrum etmeyiz, siz bize saldırmadıkça biz size harp açmayız" demiş, onları cami ve cemaatten men etmemiştir. Ayrıca Hâricîler fiilî  eyleme geçmedikçe, onların üzerine yürümemiştir de. Şöyle ki:  Hâricîler Nehrevân'da Hz. Ali'den ayrılıp müstakil bir hizip teşkil ettikleri vakit, Hz. Ali onlara karşı -siz bize saldırmadıkça biz size harp açmayız kaidesince- savaşa tevessül etmemiş, bilakis başlarına bir âmil tayin etmiştir. Hâricîler, bir müddet amile itaat etmişlerse de bilahere onu öldürmüşlerdir. Hz. Ali, hâdiseyi yine siyasî bir suç olarak değil, âdi bir katl vak'ası olarak değerlendirmek istemiş ve bu maksadla katilin teslimini istemiştir. Onlar buna yanaşmayınca üzerlerine yürümüştür.



Menea yani destek ve kudret sahibi olmaması sebebiyle "siyasî cürüm" sayılmamakla beraber, umumiyetle sapık addedilecek bir fikrin, bâtıl olduğu isbât edilinceye kadar neşir serbestisine güzel bir misâl olarak burada kaydı gereken bir vak'a kendi tarihimizle, Osmanlılar'la alâkalıdır:



Kanunî devrinde, 1527 yılında, İstanbul'da Molla Kâbız Efendi adında bir âlim, alenî olarak Hz. İsâ'nın Hz. Muhammed (aleyhissalâtu vesselâm)'den üstün olduğunu, İncil'in de Kur'ân'ın fevkinde bulunduğunu iddia eder. Payitahtta büyük bir gürültü vesilesi olan iddiaya  padişah alâka gösterir. Kâbız Efendi, divan'da (perde gerisinde Padişâh olduğu halde) muhâkeme edilir. İlk celsede, görüşlerini âyet ve hadislerde vaz'eden Kâbız Efendi'yi, orada bulunan kazaskerler ilmen ilzam edemeyince "tehevvüre kapılarak" öldürülmesini emrederler. Fakat, Vezir-i Âzam İbrahim Paşa,  kazaskerlerin ilmî yetersizliğini anlayarak meclisi tatil eder ve Kâbız Efendi'yi serbest bırakır. (Kendi ifadesiyle: "Kazaskerlerimizin şer' ile def'e kudretleri olmayıp hışm u gazab ile cevap verirler, nice idelum, def-i meclis itdük...)



Müteakip bir celseye İstanbul Müftüsü Kemalpaşazâde çağırılır. Müftünün açıklamaları karşısında ilzam edilen Kâbız Efendi'den fikirlerinden rücu etmesi istenir. Israr edince idam edilir.[55]