Büyük Selçuklular (1040-1157) devletinde ordu, devletin temelini oluşturmaktaydı. Selçuklu sultanlarının maiyetinde büyük bir ordu bulunurdu. Ayrıca şehzade ve emirlerin de sürekli silah altında tuttukları düzenli orduları vardı. İlk önceleri aşiret kuvvetleri şeklinde olan ordunun yapısı Gaznelilerdeki (963-1186) yapı esas alınarak şekillendirilmişti. Ancak daha sonra devletin toprakları genişleyip büyük bir kudrete ulaştıktan sonra askerî bir teşkilatlanma yoluna gidildi. Büyük Selçuklu Devletinin vezirlerinden Nizamül-Mülk (1018-1092) o zamana kadar, emirlere eyâletler şeklinde taksim edilmiş olan arazileri küçük parçalara ayırarak ikta sistemini getirmiştir. Buna göre hükümdar, şehzade, vali ve emirlerin derecelerine göre iktaları (muayyen gelir olan arazi parçaları) vardı. Göstermiş oldukları yararlılıklar karşılığında bu topraklara (dirlik) sahip olan atlı askerlere sipahi” denilmekte idi. Ayrıca piyade birlikleri de bulunmaktaydı. Selçuklu ordusu çeşitli unsurlardan oluşturulmuştu. Önemli bölgelerin ordu komutanları, "isfehsâlar” veya "sipehsâlar” olarak isimlendirilmekte olup, bu ünvan Samaniler (895-1005) zamanında, merkezi Nişabur olan Horasan orduları komutanının ünvanı olarak kullanılmaktaydı. (Sipehsalar-ı Horosan) İyi bir şekilde teşkilatlandırılan Selçuklu ordusunun asker sayısı dört yüz bin kişi gibi muazzam bir rakama ulaşmıştır. Selçuklularda ordu komutanları aynı zamanda bulundukları bölgenin de valisi idiler.



Selçuklu ordusunun savaş meydanında konuşlandırılması, daha önceki İslâm devletlerinde olduğu gibi, merkez (kalp), sağ kanat (meymene), sol kanat (meysere), öncü (mukaddeme pişdar), ardcı (saka-dümdar) şeklindedir. Selçuklu ordusunda kılıç, ok, yay, kargı, kalkan, zırh, topuz vb. silahlar kullanılmakta, ayrıca mancınık, neftçiler ve barutçulardan oluşan ayrı birimler bulunmaktaydı. Selçuklular, askeri haberleşmenin süratli bir şekilde yapılabilmesi için mükemmel şekilde işleyen bir menzil teşkilatı da kurmuşlardı. Ordunun temelini tımarlı sipahiler teşkil etmekteydi. Sipahiler, ellibaşı, subaşı, emir, serasker, emir-i sipahsalar ve melikül ümera gibi komutanlar tarafından idare edilmekteydi. Bu komutanlar kendilerine verilmiş olan ikta ölçüsünde asker beslemek ve bunları savaşa hazır halde bulundurmakla yükümlüydüler. Savaştan sonra elde edilen ganimetin beşte biri "humus-ı has” adı altında hazineye konurdu.



Anadolu Selçuklularında da ordunun en önemli silahlı gücü tımarlı sipahilerdi. Kapıkulu, piyade ve süvarilerden başka, devlet hizmetine girmiş bulunan aşiretlerin kuvvetleri de ordunun yardımcı kuvvetleriydi. Kapıkulu askerleri gulamlardan teşekkül ettirilmişti. Anadolu Selçuklu ordusu savaş düzeni açısından diğer İslam orduları gibi konuşlandırılmaktaydı. Savaş esnasında esas ordunun yanında, anlaşma gereği savaşa katılan başka gruplar da vardı. Mesela, Moğollarla yapılan Kösedağ savaşında (1243), Selçuklu ordusunda Rum, Frenk, Gürcü, Ermeni askerleri de bulunmaktaydı.



Ordunun mevcudu hakkında kesin bir bilgi bulunmamaktadır. Kösedağ savaşında yardımcı kuvvetlerle birlikte ordu, yetmiş bin kişilik bir rakama ulaşıyordu. Selçuklu askerlerinin sayısı elli bin kişi kadardı.



Anadolu Selçukluları Antalya, Alaiye (Alanya) ile Karadeniz kıyısında Sinop'u ele geçirdikten sonra, buralarda tersaneler kurup donanma inşa ettiler. Ancak bu donanmanın durumu hakkında fazlaca bilgi yoktur. Donanma komutanı "reisu'l bahr” ünvanıyla anılmaktaydı.